元朝仅存89年，便被明朝取代。但河西务税关并未因此沦没。至明宣宗宣德四年（1429），户部将天津钞关移至河西务，并被升格为户部分司。按明朝规定，凡进京商船均需在河西务钞关领取红单，到北京崇文门后再凭单缴纳捐税。其中商品税率为三十取一，还要视船只大小而论定。据史书记载，明正统年间（1436-1449），京杭大运河上的载重大船已达11700余艘，外加官家的水师船、驿递船及民间商船，常年从事航运的船只不下两万艘。当时朝廷允许官船挟带私货沿途出售，每只船限定不得超过60石粮。而实际上各船的挟私规模都远远超过这个标准。当这些官船放空南下的时候，又将沿途的大批商品运到了南方。除此之外，还有上万只的民间商船往返其间，使3500余里的大运河沿线形成了一个巨大的流通市场，并造就了50余处沿河商埠和商业城市。
清王朝入主中原后，这条运河经济带继续发展，到康乾时期，已经达到了顶峰。不仅皇商、官商、民商并举，更兼有海运的兴起和加盟，使得江南的"南货"、岭南的"广货"、川黔的"川货"，以及从海上进口的"洋货"都源源不断的沿河北上，极大地带动了两岸工商业的发展和商业都市的扩张。此时的京杭大运河已然成了沟通南北的一大经济动脉，为历代朝廷开辟了巨大的财源，高峰时大运河商税曾占到了全国农业税收的一半。
