元至元八年（1271），忽必烈改燕京为大都（即今北京），建国号元。至元十六年（1279），元灭宋，统一全国，建都北京，政治中心实现北移。《元史·食货志》云："元都于燕，去江南极远，而百司庶府之繁，卫士编民之众，无不仰给于江南。"元朝统治者出于治国安帮的考虑，对发展漕运极为重视，从建国之初便开始对大运河进行全线疏浚改造，又经明清两代不断筑堤修坝，疏浚导流，漕运能力得到了空前发展。河西务近在京畿肘腋，位居运河上游，从元初漕运兴起至清咸丰五年（1855）漕运衰落的500余年间，一直是出入京都的咽喉要地。

    在中国历史上，元明清三代都是天下统一、疆域广袤的东方帝国，国都又都建在北京，为此漕运就成了政权稳定、社稷存亡的生命线。据史料记载，元朝中后期的大都，人口已达百万，是当时世界上最大的国际都市。每年要从南方漕运粮米百万石（每石108斤），以及巨万银的丝帛、竹木、茶、盐、糖等商货。除此以外，还需通过海运输纳粮食300万石以上，才能维持局面。

    元末明初，经长期战乱和流疫伤民，到永乐元年（1403）时，北京人口还剩50余万，为充实京城人口，永乐皇帝号令江浙九省十府的富民大户大举北迁，并大兴土木扩建都城。这时除了皇粮商货之外，又增加了大批的建筑材料需由漕运进京。所以在此后的数十年间，运河上的漕船比元代猛增了十几倍，达到了近两万艘，仅专事漕运的官军就有12万之众。整个漕运规模较之元代更加庞大。